引言
IAVs是一种无季节性、不分年龄阶段的、导致全年性严重呼吸系统疾病的病毒。一组免疫力好的猪群，很多流感感染是温和型的，一般感染后7-10天后可以恢复。然而，幼龄的、易感动物不断引入猪群中以及猪群的快速周转，使得流感病毒持续存在和改变。来自猪群的病毒基因型和抗原变迁史能够为猪群病毒的评估提供见解，为控制流感提供更科学的方法。因为现在对加拿大西部猪的流感了解很少，本研究的主要目的是确定本地区流行的是哪些遗传变异株。
材料与方法
猪肺组织和鼻拭子采自BC、AB、SK和MB，送至牧场诊断服务部PDS( Prairie Diagnostic Services，Ins.)或明尼苏达州大学兽医诊断实验室(UMVDL)。大多数样本来自临床送诊的病猪，少数样本来自调查研究。样本通过矩阵PCR筛选，阳性样本进一步分型，病毒分离和HA基因测序。结果随后提交给兽医诊断实验室，进行序列分析和进化树分析。利用Neighbor-Joining推断法进行进化分析，MEGA5.2(分子进化遗传分析软件)软件进行系统分析进化距离。
结果
2013年31份病毒HA测序(4-AB，9-SK，20-MB)，2012年早期来自加拿大西部的26份病毒进行全基因测序(3-AB，5-SK，18-MB)。这些病毒之中有两份是HI-α病毒，2009年之前在MB很常见，但在2009年之后就消失了。另外，在加拿大西部和美国有3株H3N2病毒。这些病毒不仅不相似，而且在不同的区域集群里(见图1)。
图1 加拿大的进化树和H3标准株
讨论
在理想的世界里，疫苗接种在任何时候应该都能够提供保护力，但是流感病毒通过改变其表面蛋白，特别擅长逃避体液免疫反应。甚至HA的三级结构仅仅微小的改变，就会导致很少的凝集位点，或几乎没有凝集位点。抗原-抗体不能配对，意味着仅有微小的保护力或几乎没有保护力，意味着取决于与其他病毒之间如何交叉反应。我们必须考虑流感病毒会通过空气在畜舍传播，感冒的员工可能会将人类的流感病毒传给猪。这就是为什么科学地选择疫苗，包括基因型和抗原性评估猪群当前流行的毒株，同时，其他猪群的病毒分离株，甚至该地区的病毒株都应该在评估范围内。
