引言
猪流感(SIV)是一种呼吸性疾病,由甲型流感的多种亚型所致。在欧洲、亚洲、北美和南美的猪群中,SIV是一种地方性疾病。甲型流感病毒基因组由8个基因片段组成,SIV亚型通过结合HA片段和NA片段来鉴定。近几年,禽类H1N1、2009年流行变异株(H1N1 pdm09)、H1N2和H3N2亚型是很多欧洲国家SIV的主要亚型。丹麦的H1N2亚型不同于欧洲的H1N2亚型,是avH1N1和H3N2的重组体。自2009年后,很多国家的H1N1 pdm09流行率增加,包括丹麦。本文展示了从2009年到2013年的国家被动监测项目对猪生产中流感的监测结果。
材料与方法
自2009年,丹麦猪呼吸系统疾病的临床样本用于SIV诊断,包括临床调查。每年检测280-527份递呈的样品。通常,样本首先进行甲型流感的实时荧光定量反转录PCR(rRT-PCR)检测M基因或NP基因。所有阳性样品用in-house real-time PCR检测H1N1 pdm09的HA基因。自2011年以来,将SIV阳性样品通过HA和NA基因进行部分测序来分型,全基因通过下一代测序技术测序。序列在数据库GISAID中比对。
结果
2013年,样品的的阳性检出率增加到47%。HA和NA的序列进化分析结果显示,HA属于两种不同的HI血统-N1禽流感样SIV和N1pdm09。大多数样本都有一个H3N2 SIV血统的N2基因,然而,从1990年代
中期,少数样本与人类H3N2病毒的血统关系更密切。当结合HA和NA基因数据库的结果显示,在丹麦猪中两个最常见的亚型为H1N1和禽流感样HA基因的H1N2。第三种最常见的亚型为H1N1 pdm09。有一株
2013年发现的vH3N2不同于H3N2病毒。结果进一步表明,一种新的重组SIV亚型在欧洲普遍流行,或者一种已知SIV流行株新的重组体或者是以前在猪中未检测到的N2基因。总之,新的重组SIV亚型占SIV的
10%。
结论与讨论
被动检测项目的结果显示,在丹麦几乎10%的流行病毒是重组体,这些病毒或多或少有一个基因不同于以往流行的病毒。欧洲猪的显著迁移可能导致新的重组毒株的流行。而且,丹麦相同的重组体最近在
德国也被发现了。这进一步强调,欧洲网络关于SIV数据的交换就像ESNIP3项目一样需要积极推动。
SIV基因和抗原特性的具体知识对于兽医选择疫苗很重要。因此,使用异源HA疫苗可能导致保护力不足,甚至更引发自然感染。另外,这些发现对人类健康也很重要,因为新的重组病毒可能会如美国的
vH3N2病毒那样增加人畜共患的可能性。