益生菌是能够促进肠内菌群生态平衡的活微生物。由于抗生素在畜禽养殖业中的长期使用，毒副作用和药物残留已影响到人类健康。美国及西欧一些国家相继禁用或限用抗生素作为饲料添加剂。益生菌具有无毒副作用、安全可靠、多功能、无残留、不污染环境等优势。发展绿色无公害饲料添加剂是21世纪养殖业的重要研究方向，饲用益生菌研发是实现这一目的的主要途径。
选购应有针对性
细菌对肠道的黏附具有种属特异性，从某种动物分离的细菌只对该动物消化道上皮有较强的吸附性，如猪用益生菌用于其他动物不能发挥最大的疗效。因此，在选择益生菌时，要根据微生物的宿主特异性，选择相对应的益生菌。动物的日龄不同，其肠道正常菌群不同，对新生动物使用益生菌，效果较明显，因为新生动物肠道的正常菌群还处于连续变化的阶段，更容易受到益生菌的影响。
保存方法要科学
益生菌含有益的微生物，影响其稳定性的因素主要有温度、湿度、酸度、机械、营养等。因此未启用的益生菌应保存在干燥、阴凉的地方，适宜的保存温度为5℃~15℃;此外，未用完的益生菌特别要注意密封，因为氧气可使其中的厌氧菌失活。益生菌保存中的活菌率较不稳定，随着时间推移，活菌数量会不断减少，其减少速度因微生物种类不同而异，以芽孢杆菌最为稳定，其次是肠球菌群中的粪链球菌，再次是乳杆菌，稳定性最差的是双歧杆菌。因此益生菌产品不能超期使用。益生菌制剂对抗生素和高铜等微量元素有一定的耐受性，用益生菌配制好的全价饲料要尽快使用以免失效。
注意配伍禁忌
为了更好地发挥益生菌的作用，目前正在研究不同益生菌之间的协同与拮抗作用，以及与其他添加剂联合使用，如与抗生素的联合使用，先用抗生素处理后再用微生物产品，与生物肽的联合使用等技术。
最早我国于1994年批准使用的益生菌有6种：芽孢杆菌、乳酸杆菌、粪链球菌、酵母菌、黑曲菌、米曲菌。其中，乳酸杆菌和粪链球菌为肠道正常微生物，芽孢杆菌具有较高的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶的活性，能明显提高动物生长速度和饲料利用率，于是许多生产厂家将这些菌配合起来一块使用，但是配合以后菌体活性是否受影响却并没有作深入研究。据报道，乳酸乳球菌产生的细菌素的抗菌谱中就包括粪链球菌和芽孢杆菌中的一些菌种，特别是能抑制芽孢的形成，因此，在乳酸乳球菌与粪链球菌和芽孢杆菌联合使用时，非常有可能产生拮抗作用。由于细菌素大多抗菌谱比较窄，选择适当的细菌素，就可以有效防治动物受某些肠道致病菌的影响，而不至于影响动物肠道的其他有益微生物。乳酸乳球菌产生的细菌素对链球菌、葡萄球菌，芽孢杆菌中的一些菌种、梭菌及其他乳酸菌有抑制作用；嗜酸乳杆菌和发酵乳杆菌产生的细菌素对乳杆菌、片球菌、明串珠菌、乳球菌和嗜热链球菌有抑制作用。因此，在联合使用益生菌制剂时，要注意各菌种之间的配伍和比例。
