分子育种（基因研究）是目前动物遗传育种的研究热门，并且大有成为育种方法主流的趋势，由于基因是可遗传的，只要找到决定动物某种性状的基因，就可以按照人类的需要选育品种，大大缩短育种年限，并且性状遗传不乱。目前分子生物学在养猪育种中的最凸起的题目是什么？东北农业大学闻名分子生物学专家李辉用精辟的一句话概括为：经济性状主效基因的筛选和利用。对于养猪业来说，经济性状就是产仔数、瘦肉率、生长速度、饲料转化率等等，分子生物学育种的主要目的便是找到决定这些经济性状的主效基因，然后用于出产。
1，困惑
但是，人类对基因的探索还只是刚刚起步，间隔清楚解这些生命的密码还有很远的间隔。
1.1研究用度昂贵
据中国农业科学院畜牧研究所杜立新研究员先容，养猪业中独一能够确定并应用于出产的主效基因就是氟烷基因，该基因是决定猪种应激性的主效基因，通过监测该基因就能够了解猪只是否耐应激。养猪出产中其他经济性状，如产仔数、脂肪沉积、抗病能力等等都处于研究阶段，海内外相关报道良多，但长短常明确的主效基因还没有找到。
江西农业大学的黄路生教授为研究猪经济性状主效基因，建立了一个1 000头基础母猪的出产群体，利用祖代、父母代和商品代三代选育将主效基因定位在一个比较精确的控制范围，主要研究对象为决定肌肉生长与脂肪沉积的主效基因。
中国畜牧研究所生物工程研究室李奎研究员主要致力于找到主效基因的方法研究，他们选择的方法是sage，不同于基因芯片，能够发现决定该经济性状的新基因。华中农业大学的赵书红教授则利用基因芯片手段来研究主效基因的位置，基因芯片的长处是定位比较正确。但无论是基因芯片仍是sage，研究用度都非常昂贵，因此，测定数目就受到了不同程度的限制。
1.2关于分子育种的争论从未休止
也恰是由于分子生物研究目前能够应用于出产的科研成果还比较少，因此在育种方面也存在良多不同的看法和意见。以湖南农业大学柳小春教授为代表的常规育种拥护者指出，要想做好动物育种工作，应该踏踏实实从常规育种做起，不要将资金、人力全都投入到分子生物学研究上去，当然高新技术要研究，但是能够解决当前出产需要的成果究竟非常有限。从国外育种成果来看，他们今天的成绩主要是建立在常观育种基础上的。
柳教授的观点得到泛博育种工作者的赞同，但是分子育种是否真的间隔我们那么遥远呢？华南农业大学陈瑶生教授以为目前国外的猪育种公司都在积极研究利用分子技术选育种，并且已经有多项主效基因监测手段用于出产，只是没有将技术向外公然。
1.3资源铺张成为限制我国分子育种研究的重要题目
来自美国的曾绍邦教授提出自己的看法：基因研究是未生物技术研究的重要项目，决定着国家之间遗传资源的竞争能力，所以非常重要，应该受到足够的正视，中国良多研究机构都非常努力，包括学生，研究立场特别当真，但是因为资金等前提的限制，普遍表现为研究深度不够，重复性太强，这也是一种资源的严峻铺张。说到资金的题目，中国有国家的项目基金，但是似乎地区之间不太平衡，也轻易造咸研究重复。而国外良多研究课题都是由研究者自己提出的，然后通过学会等渠道征集资金。因此，投资者非常理智的选课题，资源铺张几乎没有。
2．出路
中国农业大学张勤教授一直以来都从事数目遗传学的研究，最近加入到分子育种工作当中。张教授指出固然分子遗传非常重要，但是目前就出产而言，常规育种依然必需要，而且要做好，否则育种工作会受到影响。中国农业大学杨宁教授也是一直从事数目遗传学研究的闻名专家，目前在分子遗传学领域做了一些工作，最深的体会就是做分子生物学研究，在数据分析方面需要相关软件的配合应用，试验设计更要仔细研究。无论是那种研究方法，终极的目的者p是服务于出产，育种工作的研究手段，已经拓展到分子领域，而且必定成为将来的主导，固然其研究成果能够应用于出产的还微乎其微，但谁能说将来不能改善出产呢？
