在本次研究中，研究人员选用了69只不同品种的猪来进行基因测序，这些猪代表了11种来自不同地域的品种和3种野生品种，它们分别来自中国的高、低纬度地区。这不是家猪的第一次基因组学研究，但是是第一次使用高深度的全基因组测序对家猪的种群进行研究。研究对每只猪的样本都进行了20倍深度的全基因组测序，覆盖了它们95%的基因组。最后，研究人员共获得了4100万个基因变异，其中2100万个变异是之前的dbSNP数据库中所没有收录的。因此，研究人员获得了一幅近乎完整的猪的基因变异图谱。在这幅图谱的指导下，研究人员对家猪与当地适应性有关的基因变异位点进行了全面研究。
通过全基因组扫描，研究人员发现在猪的X染色体上有一段长约14Mb的低重组区域分别在高纬度和低纬度家猪品种中有显著性的单体型差异。研究人员认为这个片段应该与家猪的高、低纬度适应性相关。这是本次研究的一个重大发现，本次研究的另一个重大发现是，对于生活在高纬度地区的家猪品种来说，它们的纬度适应性基因片段很有可能来自于另一个猪品种Sus，也就是说，远古时代发生的基因渗入现象在物种的适应性进化过程中可能发挥了积极的作用。这是被发现的第一个种间基因渗入影响家养动物环境适应性的例子，表明不同物种间的基因渗入可能是物种发生适应性进化的一个重要基因来源，并且这种基因渗入可以大大加速物种适应性进化的进程。
来自华大基因的项目负责人毛理凯表示，“我们发现了许多可能与环境适应相关的位点。 当我们在单倍型图上看到X染色体上有一大片区域呈现特殊的模式并且与周围明显不同时，我们预感会有重要的发现。基因渗入将为适应性进化研究带来新的视角。”
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