勤于管理 原生态养猪并非“懒汉养猪”。原生态养猪虽然具有省工、省料、省水的特点，但原生态养猪不等于一劳永逸，猪放进去就完事，其中垫料管理是关键。管理的目的是给垫料中的有益菌创造良好的生活环境，使其能正常地生长繁殖，形成强势菌群。
湿度控制 垫料管理的核心是垫料的湿度控制，垫料表面以下20厘米水分控制在50%～60%比较合适。以手握不滴水，指弹不成团，手心有湿气，手掌无水珠为宜。垫料表面20厘米以上湿度控制在45%左右，水分低于35%容易起粉尘，造成猪的咳嗽和喘气病，高于45%表层分解加快，特别在夏天会造成表层温度高，不利于猪只在垫料上休息和活动，在湿度低于35%时，应在垫料表层洒适量的水;若垫料太湿，氨气味较浓，应加强通风，或加入适量新的锯末、谷壳、秸秆等垫料，上下翻动一遍，并补充适量的HM垫料发酵基。
日常管理 日常管理是垫料运行良好的关键。日常管理主要是在粪便比较集中时，把粪便集中掩埋，提高粪便降解速度。
因抗生素对微生物具有杀伤作用，使微生物活性降低，饲料中最好不要加入抗生素类药物。垫料外部可使用消毒剂消毒，以抑制有害菌的生长。
垫料的夏季管理 夏季气温较高，且垫料分解粪便要散发一定热量，很多人担心夏季能否安全度过。其实完全没有必要担心，该公司在福建等地经过多年实验，在亚热带完全可以安全越夏，只是更需要加强垫料管理。
夏季使用时可将垫料的厚度降低20厘米。在饲养过程中，垫料猪的排粪区要经常翻动，猪的趴卧区不要进行翻动，由于发酵营养源的缺乏，其发酵效率得到抑制而使垫料表面凉爽。夏季天气热时要加强通风，有条件可以采用负压式通风、水帘降温或在饮水中加些绿豆水。
出栏后垫料管理 猪出栏后垫料的重新堆积发酵十分重要。猪只全部出栏后，可用小型挖掘机或铲车(也可用人工)将垫料从底部彻底翻动一遍，并适当补充垫料和HM垫料发酵基，重新混合堆积发酵。发酵时，垫料温度可达70℃，利用发酵温度杀死有害菌，其效果类似于传统养猪的冲洗消毒。
