发酵床分解粪尿的能力主要取决于发酵床菌种的活力，菌种活力越强新陈代谢就越旺盛。要保障发酵床菌种旺盛的新陈代谢能力，提高分解粪尿的效果，就是要保障菌种的生存环境。
结合实际使用情况来讲，影响的因素有：菌种的选择、垫料的选择、当地的圈舍结构、地下水位、圈舍的单位饲养密度和发酵床的维护情况。
1垫料原料：
菌种不断繁殖所需要的最佳碳氮比是25：1。猪粪尿的碳氮比是7：1，主要提供氮元素，而且是持续产生的。垫料原料主要提供碳元素，所以其碳氮比越高，功能菌合成新细胞的速度也就越快、数量越多，垫料的使用效果也就越好，使用年限也就越长。
2透气性：
发酵床中的功能菌多是耗氧性微生物，氧气的供给是耗氧性微生物增长繁殖不可缺少的，因此在平时的发酵床管理中要多注意垫料的透气性，做到及时翻倒。
3厚度：
参与发酵的微生物，通常在30℃以上的环境温度下，增殖变旺盛。所以，发酵床的厚度是决定温度的重要因素，干撒式发酵床养猪一般要求垫料厚度为50cm，占地不得小于20平米。
4水分：
水分是影响微生物生命活动的重要因素，微生物在发酵床垫料里进行着生命活动。同时，水分也影响垫料内部的养分和微生物的移动，影响发酵效率的高低，也影响空气成分和垫料及猪舍内的温度。
5酸碱度：
发酵床中的菌种多是需要中——微碱性环境，PH7.5左右最合适。过酸(PH<5.0)或过碱(PH﹥8.0)都不利于猪粪尿的分解。土壤和水的酸碱度是其影响的主要因素。
6菌种活性
发酵床发酵分解粪尿的过程是微生物新陈代谢的结果。所以，发酵床菌种活力的高低决定了粪便分解和垫料发酵的效率，是发酵床制作的首要关键因素，因此制作发酵床一定要选择活力强大的菌种。例如：金宝贝发酵床菌种24小时理论繁殖数量可达272个。
