发酵床养猪技术最早起源于日本，20世纪90年代从日本、韩国等引进我国，相继在江苏、福建、山东等地研究推广并取得较好的成果。但在南方高温高湿地区该项技术的示范推广工作遇到了一定的阻碍，实践发现，相比传统的水泥地面养猪，在南方采用垫料养殖，猪只容易受垫料中霉菌、寄生虫及致病菌的二次感染。
发酵床养猪是根据保育猪、中大猪等不同类型猪群在猪舍内全面铺设一定厚度的谷壳、锯末和“发酵床专用益生菌”等混合物，猪排出的粪尿在猪舍内经微生物发酵迅速降解、消化，从而达到免冲洗猪栏、零排放、无公害养殖目的。
发酵床养猪具有自身的优势：养殖模式符合猪的生活特性，减少了抗生素使用，较好地解决养猪的环境污染、猪舍保暖等问题;节省清扫猪粪的劳动力及冲刷圈舍的用水;垫料使用后，可用于果树、农作物的生物有机肥，循环利用。但在南方地区发酵床养猪技术推广中，所取得效益一般，问题却日益突出：
1)夏季发酵热成热应激源。
发酵床在夏季高温季节高密度养殖、发酵床垫料过厚或使用高发热量的菌种，都会使发酵床及猪舍持续高热，猪只易产生热应激，影响猪生长发育。
2)垫料湿度过高。
在南方高温高湿的环境中，若垫料透气性不好，将引起发酵失败，垫料霉变。猪拱食霉菌毒素后常引起免疫抑制，导致继发病增多，饲料报酬不升反降，且湿度过高猪寄生虫病危害严重，皮肤病多发。
3)不利于疫病的防治。
发酵床养猪法禁止在猪舍内使用化学消毒药品和抗生素类药物，一旦使用将杀灭和抑制微生物(益生菌)，导致微生物活性降低。当发生常见病毒性疾病或烈性传染病时，不用消毒药单靠隔离治疗很难控制疫病的蔓延，一旦发病损失惨重。发酵床养猪发生腹泻病时常不易发现，会延误治疗。发酵床靠木屑、米糠等粉状物吸收猪排泄物，但猪有拱食习惯，木屑、米糠等粉状物会因猪拱食而进入呼吸道，造成呼吸道疾病。
4)潜在致病菌的威胁。
益生菌大多为革兰氏阳性芽孢杆菌，耐热性方面较革兰氏阴性菌强，养猪场常见病原菌主要以革兰氏阴性为主，所以益生菌发酵产生的高温是拮抗病原菌繁殖的方式之一，持续的高温环境会导致其中部分致病菌发生变异，突变出强毒菌株，细菌在热应激条件下，可以上调体内很多毒力基因的表达，持续的高通量表达毒力基因或许会导致毒力基因启动子与增强子的适应变异，毒力不断增强。已有相关资料显示，发酵床养殖场出现强毒变异株，可致猪胃溃疡及严重水样腹泻。这种变异或许会延伸到本试验统计的其他细菌，如沙门氏菌、链球菌等毒力增强。
5)夏季发酵床蝇虫滋生。
发酵床卫生状况差、高湿、发酵床菌种不足容易滋生蝇虫。发酵床中长时间不翻埋裸露在表面的粪便，会给苍蝇创造生活环境，饲养密度过大等原因使发酵床的湿度过大，也会使蝇虫很容易滋生。
6)劳动强度增加
采用发酵床养猪法，不便于猪群转群，饲喂也较麻烦，南方高湿的环境需要经常翻动垫料，如此饲养员的劳动量不降反升。
发酵床养殖模式是否适合南方高热高湿地区，目前仍是研究讨论的热点。如何做到因地制宜和改进创新，使之适合南方猪场的实际情况，要求我们不仅要了解发酵床养猪微生态菌群组成与变化，还要从其他方面继续充实发酵床养殖的技术原理，并结合不同地区的气候环境条件，采用方便易得的资源，合理建造生物发酵床。若饲养管理技术及研究理论还未成熟，在南方这种高热高湿地区建议慎重选择发酵床养猪模式。
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