洪水期间，粪池满溢，死亡畜禽尸体、各种污物及垃圾随洪水流淌，造成畜禽舍、水源、环境严重污染，深土中的细菌、病毒、寄生虫卵等被洪水冲刷出来，也成为传染源，极易引起畜禽发病。洪水过后，为了切断传染源，消灭病原体，预防和控制疫病流行，必须采取对畜禽舍、环境、水源、用具等的严格消毒，其具体做法如下。
一、畜禽舍及环境的消毒
首先要进行彻底的清扫和清洗。对洪水淹过的畜禽舍要清除淤积的泥土、砂石、粪便、垃圾及各种污物。按照一定顺序进行清扫和清洗，先从棚顶、后墙壁、再地面，从畜禽舍的远端到门口，先室内后室外逐步进行，不留死角。经认真彻底清扫和清洗，不但可以清除大部分病原体，而且可以大大减少粪便、垃圾等有机物的数量，有利于化学消毒剂发挥作用。彻底清扫清洗后即可进行化学消毒。一般要求使用2~3种不同作用类型的消毒药，进行2~3次消毒。
1.第一次消毒可用碱性消毒药，如2%~3%的火碱或10%~20%的石灰乳，用来粉刷地面、天棚、墙壁等，用2%火碱水溶液还可用于喷洒消毒。
2.第二次消毒可用酚类(菌毒敌)或氧化剂(过氧乙酸)进行喷雾消毒。第三次用甲醛熏蒸消毒。事先计算好消毒舍的容积，每立方米用甲醛42毫升、高锰酸钾21克，关闭门窗及通气孔，舍内的温度应在20℃左右，相对湿度70%以上，一般消毒24小时，而后打开门窗通风即可。
3.道路及运动场可用10%~20%漂白粉混悬液或干粉撒布;也可用1：200倍的复合酚喷洒;潮湿地面、粪池、粪堆及污水沟可撒布生石灰，干处撒生灰不起消毒作用，因生石灰遇水生成氢氧化钙CaO+H2O=Ca(OH)2,即熟石灰，解离出氢氧离子产生消毒作用。石灰乳应现用现配，配好后宜当天用完。
二、水源及饮水的消毒
水井被洪水淹没后，要先把井水淘净，清除淤泥，待按体积每立方米水加入漂白粉6~10克，将井封闭6小时后再用;饮水消毒方法简单，事先在另外的容器内调成稀释液，然后放在饮水器或饮水槽内让畜禽饮用。主要是选择有效、安全且又无毒、无副作用及对产品中无残留的消毒药、一般常用消毒剂有：漂白粉，每升水中加0.3~1.5克;20%过氧乙酸每升水加1毫升;50%百毒杀，每升水加1~2毫升。
三、带畜禽消毒
带畜禽进行喷雾消毒，比较全面彻底，既能直接杀灭隐藏于畜禽舍内环境，包括空气中的病原微生物，又能直接杀灭畜禽体表、呼吸道浅表滞留的病原体。对鸡的马立克氏病、传染性法氏囊病、新城疫，猪的蓝耳病、猪瘟、传染性胃肠炎等有良好的预防作用;对细菌性疾病，如葡萄球菌、仔猪黄白痢、仔猪副伤寒，猪丹毒、猪肺疫、猪气喘病等有很好的防治作用。尤其对预防鸡的传染性鼻炎、败血霉形体，猪肺疫、气喘病等呼吸道疾病的效果更佳。此外，还能沉降粉尘、防暑降温、提供湿度、净化空气、改善畜舍环境。
带畜禽消毒，7日龄以内的雏禽，2周以内的幼畜不宜使用，一般禽的育雏期(30日前)每周1次，以后10天1次，成年畜禽每2周消毒1次。清除粪便、垃圾后带畜禽消毒。喷雾量按每立方米约15毫升计算，关闭门窗进行，操作时让喷雾器的喷头向上喷雾，使雾滴向下落，雾滴小为好。常用带畜禽消毒药使用浓度：百毒杀,150×10~6(百万分之一百五十),即0.015%;过氧乙酸0.2%~0.3%;次氯酸钠0.2%~0.3%;菌毒敌(复合酚)1：250~300。
四、畜禽场各种用具消毒
畜禽场各种用具、用品很多，这些用具及用品的材质、用途各不相同，因此采用消毒方法也不一致。工具类可用高锰酸钾熏蒸，饲槽、料桶、饮水器、水槽、水桶及盆等，要先用2%火碱刷洗，然后再用清水冲洗使用;车辆(包括汽车、四轮车、手推车等)要进行喷洒，工作服要清洗后消毒或可用紫外线灯照射均可。
