消毒药按作用水平分为高效、中效、低效三类。高效消毒药对病毒、细菌、芽孢、真菌等都有效，如戊二醛、氢氧化钠、过氧乙酸等，但它们的副作用较大，对有些消毒不适用；中效消毒药对所有细菌有效，但对芽孢无效，如乙醇、碘制剂等；低效消毒药属抑菌剂，对芽孢、真菌、亲水性病毒（非囊膜病毒）也无效，如季胺盐类等。
目前，规模化猪场的病原微生物多重感染或继发感染十分普遍，既有病毒的混合感染，也有细菌的混合感染，还有病毒和细菌的混合感染，以及存在一些原发性感染情况下出现继发感染。
据调查，规模化猪场存在着猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪圆环病毒2型、口蹄疫病毒、猪瘟病毒、伪狂犬病毒、肺炎支原体、猪链球菌、胸膜肺炎放线杆菌、巴氏杆菌、猪附红细胞体、大肠杆菌等病原微生物的威胁。
选择消毒液时，要根据消毒对象、目的、疫病种类，调换不同类型的药物。如有些病毒（结构中无胞浆膜病毒）对普通消毒药不敏感，特别是圆环病毒，一般消毒药对它不起作用，应选择高效消毒药。对带猪消毒，刺激性大，腐蚀性强的消毒药不能使用，如氢氧化钠等，以免造成人畜皮肤等处伤害；对注射部位消毒可选择中效消毒药等。
由于病原微生物本身的形态结构及代谢方式等生物特性的不同，其对消毒表现的反应也不同。如G+菌比G-菌对消毒药更敏感，原因是G-菌细胞壁由丰富的类脂包膜形成，有阻止消毒药进入的作用。
所以，对G-菌（如多杀性巴氏杆菌、沙门氏菌、胸膜肺炎放线杆菌等）需选择作用较强的消毒药。对具有芽孢的细菌（如炭疽杆菌），因芽孢有较厚的芽孢壁和多层芽孢膜，结构坚实，消毒药不易渗透进去，一般也应选择高效消毒药。
附：根据病原对特定消毒剂的敏感性来选择消毒剂
猪瘟病毒 对碱性消毒药敏感，如火碱、生石灰，冬季可用2%的火碱溶液加5%的盐水进行消毒。
口蹄疫病毒 对酸性、碱性消毒剂都敏感，如火碱等。
蓝耳病毒 对醛类消毒剂 （甲醛、聚甲醛等）、含氯消毒剂（5%的漂白粉溶液）、碱类制剂（氢氧化钠和生石灰等）敏感。
圆环病毒 对外界环境的抵抗力较强，但对季铵盐加碘的消毒液敏感。
伪狂犬病毒 对酸性、碱性、加碘消毒剂都敏感。
细小病毒 对碱性和0.5%的漂白粉溶液敏感。
乙脑病毒 常用消毒剂即可杀灭，如双季铵盐等。
轮状病毒 对氯仿、乙醚敏感，但对化学试剂不敏感。
流感病毒 对酚类消毒剂、乙醚敏感，但有呼吸道病时最好不要用酚类消毒药。
传染性胸膜肺炎放线杆菌对苯扎溴铵敏感。
肺炎支原体 对双季铵盐和碘敏感。
巴氏杆菌 对火碱和苯扎溴铵敏感。
链球菌 对苯扎溴铵和3%的漂白粉溶液敏感。
沙门氏菌 对火碱和碘类消毒剂敏感。
大肠杆菌 对常用消毒药都敏感。
副猪嗜血杆菌 对常用消毒药敏感。
