依据药敏试验结果，选用高敏抗菌药物，并采取适当的给药途径。要注意轮换用药、发挥协同作用的联合用药，但要注意配伍禁忌、所用药物的副作用、残留及休药期等。
常用抗菌药有：
氧氟沙星或环丙沙星或蒽诺沙星或二氟沙星：2.5―8毫克/公斤体重?次，1日1―2次，肌注或口服，连用3―5日。
硫酸新霉素： 20PPM拌料。
氯霉素：猪内服量50毫克/千克。猪肌注10～30毫克/千克体重?次，1日2次内服或肌注，连用3日。
洁霉素(林可霉素、可肥素)：猪于孕期100日至分娩后3周，按55～80PPM混饲给药，在产仔数、窝重、大小都有效果，并可减少腹泻。猪混饲的浓度45～110PPM。猪肌注10―30毫克/千克体重，每日2次。
利高霉素：10毫克/公斤体重?天，口服3日。
痢菌净：0.5%注射液，3―5毫升/次?天，1日2次，连用3日。
呋喃唑酮(痢特灵)：10―12毫克/公斤体重?次，1日2次内服，连用5―7日。300PPM拌料，连用14天;预防100PPM拌料。
酒石酸泰乐菌素+SM2：各100PPM拌料。
泰妙菌素(泰妙灵、枝原净)：120―360PPM拌料。
金霉素400PPM(可+100PPM SM2)拌料。
