越来越复杂化，继发症、并发症普遍存在，混合感染是目前流行的最大特点。在临床上，病原体为单纯一种病毒或细菌的几乎不存在，只有病毒而没有细菌或只有细菌而没有病毒的也几乎不存在。所以，控制要采取综合措施。
多数混感综合征均以病毒病为主，但控制住细菌病对病毒病或混感综合征的防治也有重要意义。目前控制还离不开抗菌素，利用抗菌素的同时，要配合使用抗病毒药物。
重点控制猪瘟、伪狂犬、蓝耳病、圆环病毒、细小病毒、乙脑、霉菌毒素等免疫抑制性疫病；同时控制好气喘病、传染性胸膜肺炎、副猪嗜血杆菌、链球菌、大肠杆菌等细菌性病与上述病毒性疫病的混合感染（包括并发与继发感染）。
要实现由过去的治疗兽医、到预防兽医、直至保健兽医的战略性转变。管理水平越高，其生产技术管理人员就越重视保健用药，兽医临床治疗就越被忽视，这是大势所趋。
保健药物的定义与分类
简单定义：有病用药是治疗，无病用药是保健。所谓保健用药就是为使猪群保持健康而使用的预防性用药。
通俗分类：中国同行习惯上所指的药物一般包括疫苗、药、粉剂、针剂（主要是治疗药物），前三类药物可总归类于保健预防药物；粉剂主要是饲料与饮水添加的药物（其中也包括多数驱虫药物），也是狭义上的保健药物；从“有病用药是治疗，无病用药是保健”的概念上说，有时针剂也是保健药物。
疫苗的选择及应用
疫苗生产厂家的选择很重要，要选择有实力、信誉好、大家公认的著名厂家生产的疫苗；阳性可选择弱毒苗（活苗），阴性尽量选择灭活苗；本地区三年内无疫情的病不用疫苗；细菌苗尽量不用（药物保健可以解决问题）。
免疫程序很关键，免疫程序的制定是建立在定期的抗体监测及充分了解周围疫情基础之上的。常规免疫，要按生产节律进行阶段性免疫，规模化不适合搞一刀切或季节性免疫。紧急免疫，可以搞一刀切免疫。如果药物保健做得好，许多细菌苗可以不用。疫苗的选用很重要，例如猪瘟苗最好选择脾淋苗。事实证明：妊娠期打疫苗利大于弊。多种疫苗注射时，两种疫苗最好间隔一周以上。配种前后各一周，产前产后各一周禁用疫苗。
打疫苗时配合用转移因子如新必妥，会提高免疫效果，解决免疫抑制、免疫空白等问题。
消毒药的选择及应用
常规消毒药有碘制剂、醛制剂、酚制剂、氯制剂、季氨盐等。消毒药按作用水平分为高效、中效、低效三类。高效消毒药对病毒、细菌、芽孢、真菌等都有效，如戊二醛、氢氧化钠、过氧乙酸等，但它们的副作用较大，对有些消毒不适用；中效消毒药对所有细菌有效，但对芽孢无效，如乙醇、碘制剂等；低效消毒药属抑菌剂，对芽孢、真菌、亲水性病毒（非囊膜病毒）也无效，如季氨盐类等。
要针对的疫病情况选择使用，最好选择3种~4种不同类型的消毒药轮换使用，有条件的最好做消毒剂使用效果检测。广谱性、高效性、长效性、安全性、方便性以及成本、投入产出比是选择消毒药的原则。
目前，规模化的病原微生物大都是多重感染或继发感染，病毒细菌混合感染普遍存在。选择消毒液时，要根据消毒对象、目的、疫病种类，调换不同类型的药物。如有些病毒（结构中无胞浆膜病毒）对普通消毒药不敏感，特别是圆环病毒，一般消毒药对它不起作用，应选择高效消毒药，如信得威碘、杜邦卫可等；对带猪消毒，刺激性大、腐蚀性强的消毒药不能使用，如氢氧化钠等；对注射部位消毒可选择中效消毒药等。
消毒药液配制，正常的浓度足以杀灭和抑制病原微生物的繁殖和传播，过量反而有副作用；消毒药用水稀释后稳定性变差，应现配现用；饮水消毒时，注意药物安全性；带猪消毒时，避免选用有刺激性味道的药物；有效消毒的前提是彻底清除猪舍和环境含有机物的污物；在打扫清除前，最好先用消毒药喷洒或喷雾，以免病原微生物四处扩散，造成扩散二次污染；在进行消毒时，应根据不同的消毒药，决定采用喷洒、喷雾、浸泡或蒸发等消毒方法；消毒应到位、彻底；消毒应同步，无论是环境、空栏消毒还是带猪消毒，应尽可能在规定的时间范围内完成；正确安排消毒程序，坚持全进全出的原则。
