严格掌握适应症
选择抗菌药物时，应结合临床诊断、致病微生物的种类及其对药物的敏感性，并根据症状轻重，选择对病原微生物敏感和临床疗效较好、不良反应较少的抗菌药物。对革兰氏阳性菌引起的病症应首选青霉素G；次选四环素、庆大霉素、先锋霉素、增效磺胺、磺胺药。对革兰氏阴性菌引起的病症首选卡那霉素、庆大霉素、链霉素、多粘菌素；次选增效磺胺、磺胺药、四环素类、青霉素。
用量适当，疗程应充足
一般来说，开始剂量宜稍大，以后可根据病情而适当减少药量；对急性传染病和严重感染症剂量应增大；对肝、肾功能不良病畜，按所用抗菌药影响肝、肾程度而酌减用量；主要经肾排泄的抗菌药物，在治疗泌尿系统感染时，用量不宜大。一般传染病和感染症应连续用药3-5天，直至症状消失后再用1-2天，切忌停药过早而导致疾病复发。对慢性病或某些特殊疾病则应根据病情需要而延长疗程。另外，就给药途径而言，严重感染多采用注射法给药，一般感染和消化道感染以内服为宜。
在用药过程中，注意观察，如果症状好转，应坚持继续用药；如果毒性反应过大，则应改换其他抗菌药物；如果疗效不佳，应及时修改治疗，可考虑抗菌药选择不当、剂量不足、给药途径不当、有潜在感染病灶未处理、诊断上有错误等。
防止细菌产生耐药性，控制耐药菌传播
严格掌握抗菌药的适应症，剂量要充足，疗程要适当，以保证有效血药浓度，来控制耐药菌发展，必要时可采取联合用药。
诊断不确切时，不宜轻易应用抗菌药物。另外，避免长期预防性给药、对污染场所彻底消毒、有效抗菌药物分批交换使用，这对防止耐药菌株形成和传播均有效。
把握全局，强调综合性治疗
抗菌药物为机体消灭细菌创造了一定条件，在使用抗菌药物的同时，还应改善饲养管理，增加机体抵抗力，保证机体内水、电解质和酸碱的平衡。
联合用药必须有明确的临床指征
临床指征包括病情危急的严重感染、一种抗菌药物不能控制的混合感染、细菌有产生耐药性的可能、抗菌药不易透入感染病灶。
防止影响免疫反应
抗菌药物对某些活菌苗的主动免疫过程有干扰作用。因此，在使用疫苗前、后数天内，以不用抗菌药为宜，或等药效消失后，再另行免疫，以确保抗体产生。
混合注射时防止产生配伍禁忌
四环素类最好单独使用，因为它与多种抗菌药物有配伍禁忌。青霉素G钾盐不宜与四环素、磺胺药、卡那霉素、庆大霉素、多粘菌素E并用，也不可与Vc相混合。磺胺药特别是复方增效磺胺制剂，能与多种药物产生配伍禁忌，用时应单独注射。氢化可的松与多种抗菌药有配伍禁忌。
