从事养殖业时，在中合理添加可预防治疗畜禽疫病，并可提高畜禽日增重量和转化率，因此，在养殖业中使用的现象非常普遍。但有些地方的养殖户使用抗生素药时超出抗菌的范围，导致细菌产生抗药性，给畜禽疫病治疗带来了新的难度。
抗生素所产生的耐药性是一个全球性的问题。畜禽饲料中长期使用某一种抗生素后，不仅可以使病原菌的耐药性菌株数量增加，同时也可使正常菌株对该抗生素产生耐药性，影响药物的治疗效果。抗药性甚至可以向人体转移，影响人类疾病的控制。
动物长期使用抗生素，可直接对动物机体产生毒副作用，使免疫机能下降更易感染疾病，畜禽慢性病例增多，一些过去可以形成终生免疫的疾病也频频复发。抗生素在饲料中长期添加还可导致抗原质量降低，直接影响免疫功能，导致对免疫接种产生不良影响。
因此，饲料添加抗生素时，应严格控制添加量和用药时间。一方面，一种抗生素在使用一段时间后，有些存活下来的病原菌对这种抗生素产生了抗药性。同时，长期使用同种抗生素会抑制肠道中某些有益微生物的正常生长和繁殖。另一方面，控制用药时间，还可以有效地限制药物在畜禽产品中的残留量。不同畜禽种类、同一畜禽的不同生长阶段对抗生素的要求是不同的，应区别使用。如猪在配种及产仔前后适量饲喂抗生素可提高受胎率和产仔率，而在8-10周龄时用抗生素效果就会下降。使用抗生素时应先与少量饲料预混，然后再拌入饲料，这样容易拌匀。严禁将抗生素直接拌入饲料，否则会因搅拌不匀而产生不良后果。
