国内现有的口蹄疫疫苗企业虽然完成了GMP改造，实行了GMP管理制度，但根据日常监管及飞行检查中发现，仍然存在许多管理不规范的问题，这些因素皆可能影响口蹄疫疫苗的质量。另外根据国外发达国家的生物制品技术，国内的口蹄疫疫苗生产企业，在口蹄疫疫苗生产工艺和检验技术方面，还存在以下问题。
一、口蹄疫疫苗生产工艺落后
对于口蹄疫灭活疫苗生产，国外大部分疫苗生产企业已不采用转瓶生产技术，改用大规模悬浮培养技术，目前国内企业的转瓶培养技术由于生产规模过大，每个班组每天接种转瓶数达到千余瓶，很难保证零污染，过多的转瓶根本做不到逐瓶进行无菌检验，仅靠肉眼观察，根据培养液颜色变化排除污染转瓶，很难做到万无一失，只要有一瓶污染培养物混入抗原液中，就可能因内毒素引起疫苗的副反应。
因此要从根本上解决疫苗质量问题，必须改转瓶培养为悬浮培养，悬浮培养技术不仅可保证生物安全，也可提高疫苗的均一性，结合现有的疫苗抗原浓缩纯化技术，生产出高度纯化的高效疫苗，是提高现有疫苗质量，降低疫苗副反应的根本措施。
二、口蹄疫疫苗检验技术有待提高
现有的疫苗质量标准中规定效力检验必须采用本动物进行检验，由于国家实行100%的强化免疫政策，很难选出易感的检验用动物，采用血清中和试验选择易感动物，在技术上难以排除具有细胞免疫的非易感动物，在检验实际中经常发生检验数据不规律的问题，影响检验的准确性。因此必须尽快研制体外检验技术，代替现有的本动物试验。在这方面农业部已组织了多次试验，但到目前为止尚未取得理想的替代方法。
三、口蹄疫疫苗生产用毒种免疫谱和免疫原性不理想，应及时更换
目前的疫苗生产用毒种除亚洲I型已统一更换为江苏毒株以外，O型毒株有3株，其中有的毒株年代较久，免疫原性并不理想，应及时更换免疫谱更广、免疫原性更好的毒株用于生产和检验。
四、口蹄疫疫苗佐剂依赖进口，国产佐剂难以达到安全要求
目前各企业采用的疫苗佐剂除常规的矿物油佐剂外，主要为进口的206佐剂，该佐剂易于乳化、粘度小、免疫副反应小，是口蹄疫疫苗的主要佐剂，但由于其价格昂贵，使疫苗生产成本偏高。另外矿物油佐剂因其不能被肌体分解代谢存在残留和食品安全问题。实际上每年有万余吨的矿物油随肉制品进入我们的食物中，其潜在的安全问题值得引起重视。研制肌体可以代谢，与肌体相容性好，副反应小、效果可靠的天然佐剂显得急为迫切。
五、口蹄疫疫苗价格偏低影响生产企业采用先进技术的积极性
现有的疫苗价格考虑到农民和财政负担问题，每头份疫苗价格仅1元左右，生产企业如采用高度浓缩纯化技术，生产成本难以接受，降低了企业采用先进技术的积极性，实际上采用低价疫苗政策由于疫苗质量得不到保证，并不能保证农民利益，因疫苗副反应和不确实的免疫效果造成的损失远高于疫苗使用成本。
面对以上问题，各口蹄疫研究单位和生产企业正在加紧研究力度，目前已取得一些重要进展，例如：在悬浮培养技术方面金宇保灵生物药品有限公司已经达到规模生产水平，即将取得生产文号，另外全面采用悬浮培养技术的口蹄疫灭活疫苗生产企业也在加紧建设之中。
在新型口蹄疫疫苗的研究方面，猪用口蹄疫合成肽疫苗已经大面积使用并取得了良好的使用效果。在基因工程疫苗研究方面，猪用口蹄疫基因工程疫苗已获得新兽药证书，但尚未投入生产。以杆状病毒为载体，采用家蚕蚕蛹生产口蹄疫亚洲I型疫苗的技术已获准生产并投入使用。
相信随着生物技术的进步，新技术将会不断用于口蹄疫疫苗的生产，新型口蹄疫疫苗将会不断推出，口蹄疫疫苗现阶段存在的副反应大，免疫效果不够理想等问题会逐步得到解决。
