传统的农家肥也就是牲畜粪便堆肥，都是要添加秸秆的。这是因为粪便含水量太大，难以发酵，只有添加了秸秆、稻草之类的低含水量的辅料，降低到40左右的水分才会开始进行发酵，这是因为有益菌的生理活动造成的。而现代的
畜禽粪便发酵有机肥技术可以通过添加菌种、发酵、粉碎、造粒等各个环节来解决在制作有机肥过程中出现的各种问题。
1、臭味：这就要从臭味的来源说起。在发酵中为了节省用地面积，都是选择堆垛制肥，但是堆肥发酵过程是好氧发酵，堆体内部因为堆垛本身重力问题，会不停向下挤压，从而导致孔隙度变小，再加上发酵导致堆体内氧气不断减少，堆体内部就会发生厌氧发酵。由于长期的厌氧发酵，堆体内部空气不流通，这也就是为什传统堆肥中只要一翻堆就臭气冲天的原因。粪便本身也含有大量的病菌、虫卵和寄生虫，也会造成臭源。解决办法：添加菌种，除臭、杀菌、促进发酵开始的起始温度。为了促进氧气进入堆体内部，很多粪便堆量较大的养殖场或者有机肥厂，借助程翔重工槽式翻抛机或行走式翻堆机，在温度达到50℃以上时开始进行翻堆，夏季1天翻堆一次（冬：2~3天）。
2、后期发霉、长毛：这是因为粪便发酵腐熟不彻底。一般发酵过程分为两个阶段：a、高温阶段（50~70℃），打破细胞膜，将粪便变成有机质，这个过程需要7~10天，但需要注意的是此时的有机质是高分子物质；b、中低温阶段（30~45℃），将高分子物质降解为小分子，此时的小分子才是真正意义上的有机肥。
3、不同粪便要有不同的处理方法：鸡粪：粪尿一起排出，还占有大量的鸡毛，而鸡毛有一定的角质层组织，要经过很长一段时间的腐熟分解才能做成有机肥，与粪便分解速度相差很远。所以在做有机肥时候要用滚筒筛分机将鸡毛筛分出来。牛粪含水量很大，由于粪便中的特殊物质在后期会返潮，所以在后期必须烘干。
4、有机肥的两种生产状态:有机肥生产中有颗粒和粉状两种。颗粒适合长途运输，便于机械化施肥、外地推广，同时生产过程也符合环保要求；粉状，投资成本降低，适合自己农场或者周边村庄农户种植，生产过程中要安装防尘罩和沉降室。
5、用途不同，配比不同：例如做幼苗机制，就需要配比粪便、秸秆、壳糠、糟渣、饼粕等，种类越多越好，但是配比量要精确。
在有机肥的生产过程中，最常用便是粪便和秸秆，因为来源广泛、成本较低。据统计，每年我国的畜禽养殖产生的粪便量在2016年就已经达到了38亿吨，每年秸秆的产生量也有9亿多吨，但是利用率都不足五成。
近两年环保问题日益突出，国家也大力提倡进行
畜禽粪便资源化利用和秸秆资源再利用，还进行
补贴和奖励。
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