1、臭味：这就要从臭味的来源说起。在发酵中为了节省用地面积，都是选择堆垛制肥，但是堆肥发酵过程是好氧发酵，堆体内部因为堆垛本身重力问题，会不停向下挤压，从而导致孔隙度变小，再加上发酵导致堆体内氧气不断减少，堆体内部就会发生厌氧发酵。由于长期的厌氧发酵，堆体内部空气不流通，这也就是为什传统堆肥中只要一翻堆就臭气冲天的原因。粪便本身也含有大量的病菌、虫卵和寄生虫，也会造成臭源。解决办法：添加菌种，除臭、杀菌、促进发酵开始的起始温度。为了促进氧气进入堆体内部，很多粪便堆量较大的养殖场或者有机肥厂，借助程翔重工槽式翻抛机或行走式翻堆机，在温度达到50℃以上时开始进行翻堆，夏季1天翻堆一次（冬：2~3天）。
3、不同粪便要有不同的处理方法：鸡粪：粪尿一起排出，还占有大量的鸡毛，而鸡毛有一定的角质层组织，要经过很长一段时间的腐熟分解才能做成有机肥，与粪便分解速度相差很远。所以在做有机肥时候要用滚筒筛分机将鸡毛筛分出来。牛粪含水量很大，由于粪便中的特殊物质在后期会返潮，所以在后期必须烘干。
5、用途不同，配比不同：例如做幼苗机制，就需要配比粪便、秸秆、壳糠、糟渣、饼粕等，种类越多越好，但是配比量要精确。
在有机肥的生产过程中，最常用便是粪便和秸秆，因为来源广泛、成本较低。据统计，每年我国的畜禽养殖产生的粪便量在2016年就已经达到了38亿吨，每年秸秆的产生量也有9亿多吨，但是利用率都不足五成。
近两年环保问题日益突出，国家也大力提倡进行畜禽粪便资源化利用和秸秆资源再利用，还进行补贴和奖励。
