根据我国农业行业标准(NY 884—2012)规定，生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体(如禽畜粪便、农作物秸秆等)为来源并经有机肥设备无害化处理腐熟的有机物科复合而成的一粪兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
这就确定了生物有机肥有两个组成部分：①特定功能微生物。②主要以动植物残体为来源，经腐熟的有机物料(不一定是有机肥料)。
1)特定功能微生物
生物有机肥中的特定功能微生物通常是指施入土壤后，对土壤营养成分转化和作物生长有促进作用的微生物，包括细菌、真菌、放线菌中的不同种类。就所具具备的特定功能，可以分类如下：
1固氮菌类：①共生固氮菌：主要是指豆科作物根瘤菌如：根瘤菌属、固氮根癌菌属、慢性固氨根瘤苗属等;非豆科作物共生固氮菌如：弗兰克氏菌属、蓝细菌属，他们的固氮效率较高。②自生固氮菌：如圆褐固氮菌、光合细菌等。(3)联合固氮菌：是指生活在植物根际根表、叶表时才能孤单的微生物，如假单胞菌属、生脂固氮螺菌等。
2解(溶)磷菌类：芽孢杆菌属(如巨大芽孢杆菌、蜡状芽孢杆菌、短小芽孢杆菌等)、假单胞杆菌属(如荧光假单胞杆菌)，固氮菌、根瘤菌、氧化硫硫杆菌、青霉、黑曲霉、根霉、链霉菌、AM菌根菌等。
3解(溶)钾菌类：硅酸盐细菌(如胶质芽孢杆菌、胶冻样芽孢杆菌、环状芽孢杆菌)、非硅酸盐钾细菌。
4 抗生菌类：木霉(如哈茨木霉)、放线菌(如细黄链霉菌5406、密旋链霉菌)、荧光假单胞菌、多粘类芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌变种、VA菌根真菌等。
5 PGPR(根际促生细菌)和PGPF(植物促生真菌)
6 光台细菌：红色假单匏菌属的若干种、红螺菌属的若干种，这些种是兼性好氧菌，有氢状态下可以生长，适合制作生物有机肥。
7 抗虫增产菌粪：白僵菌属，绿僵菌属、拟青酶属、虫草属、芽孢杆菌数。
8 纤维素分解苗粪：嗜热性侧孢霉、木霉、毛霉等。
9 其他功能性微生物：很多微生物进入土壤后，能够分泌生理活性物质，刺激和调节植物生长有些对土壤毒物具有净化分解作用，如酵母、乳酸菌等。
2)以动物残体为来源经腐熟的有机物料。而未经有机肥发醉庸熟菌种腐熟的有机物料，不能直接用来制作有机肥料。未经发酵腐熟的有机物料制作的有机肥料，无法进入市场。
为了更好的腐熟，让菌种更好的跟发酵物接触，可以通过下面的槽式翻抛机进行均匀搅拌。
常用的有机物料有：
(1)粪便类 鸡粪、猪粪、牛粪、羊粪、马粪等动物粪便;
(2)秸秆类 玉米秸秆、稻草、麦秸、豆秸等农作物秸秆;
(3)壳糠类 稻壳、稻壳粉、花生壳粉、花生秧粉、谷糠、菌糠等;
(4)糟渣类 酒糟、酱油糟、醋糟、糠醛糟、木糖糟、酶渣、大蒜渣、糖渣等;
(5)饼粕类 豆饼、豆粕、油枯、菜籽饼等。
(6)其他 生活污泥、糖厂滤泥、糖泥、蔗渣等。
这些原料用有机肥发酵菌种发酵后，都可以作为生物有机肥制作的辅助营养原料。需要说明的是，在制作生物有机肥时，这些发酵原料不必都达到有机肥中所要求养分的标准，可以利用后期工艺(更多禽畜粪便的处理加工工艺流程可参考以下网站：http://www.zzcxzg.com/case/productline_1/36.html)进行添加处理。随着国家环保政策的需要，越来越多的养殖场开始自产自销：通过有机肥设备对动植物残体进行发酵处理，生产生态有机肥，供给农户种植，待到农户农产品收获，又回收农业秸秆废料，进行粉碎、造粒成饲料，循环利用降低饲养成本，提高饲料的营养元素。
