1、不是基因缺失(损)越多的疫苗免疫效果越好，免疫效果首先取决于疫苗的免疫原性和免疫剂量，而免疫原性往往与制苗毒株的抗原性密切相关，基因缺失太多易于造成制苗毒株的抗原性弱、繁殖力低、免疫反应小。另外，接种动物的健康状况也严重影响免疫效果。作为基因缺失疫苗，更重要的是可以区分野毒和疫苗的抗体，便于净化本病。
2、灭活疫苗并非十分安全(基因缺失的灭活疫苗除外)尤其是常规的强毒灭活苗，由于制苗毒株选择、灭活剂、生产工艺和佐剂等方面的差异，有时导致灭活不彻底造成强毒扩散引发疫病、毒株筛选不当免疫效果不理想、佐剂不过关副反应太大等。
3、对疫苗而言，并非抗原含量越高越好，若抗原量太高，即剂量过大易于引起免疫耐受而致免疫失败。安全、有效的疫苗的抗原量应处于某一范围内，并非愈高愈好。
4、不同基因缺失的弱毒疫苗最好不要混用，尽管基因重组的几率非常小。混用易于导致鉴别诊断和检测等方面的困难。
关于免疫监测，由于强毒灭活疫苗的广泛使用，给野毒的监测带来了相当大的障碍，再加上许多猪场母猪带野毒和潜伏感染的现象持续存在、仔猪免疫与否无法统一，这都不利于免疫检测的准确性。鉴于目前国内这种复杂情况，先用比较一致的基因缺失疫苗免疫猪群，坚持2-3年，逐步用基因缺失的疫苗毒株取代中清除野毒，此后再做监测和根除。并且可以在免疫疫苗过程中添加免疫增加剂，如奥得曼A，增强抗体水平。
