消化道内进行着两个重要的生理过程：饲料原料的消化和营养物质的吸收。从本义上讲，饲料消化产生了各种不同的新分子，如各种肽类、低聚糖、甘油三酯的衍生物和磷脂类。这些物质都具有各种不同的生理功能，可以作为宿主动物的营养源。
此外，由于饲料原料分子的复杂性，添加酶制剂不可能将难消化的饲料原料全部都降解成单糖或氨基酸以供吸收。胃肠道的消化反而会产生各种不易消化的低聚糖和肽类，这可能使胃肠道具有新的生理功能。深入了解这些低聚类产物在维持有益的肠道微生物区系上的作用，在未来将成为全方位营养的重要组成部分。
通常到达肠道的饲料蛋白可作为必需和非必需氨基酸的来源。然而，当动物采食各种品质和数量的蛋白质，就会产生大量、不同类的肽产物。这些肽类通常能够耐受消化道内的蛋白水解酶的进一步消化。这就意味着有大量的不同种类肽可能一直存在于肠道内容物中，这些从饲料蛋白中来源的肽类被称为生物活性肽（BAPs）（Froetschel，1996）。
BAPs能够被完整的吸收，并能够通过结合特殊的受体来调控消化、食欲、免疫功能和内分泌代谢。植物性和动物性的蛋白都含有BAPs。乳、小麦和大豆蛋白曾被广泛研究。在β-酪蛋白中的一条特殊的肽链序列曾被大量的研究，这种BAPs是从β-酪蛋白水解产物中分离出来的，被称作酪蛋白吗啡肽（α-casomorphins）。β-酪蛋白在消化时，酪蛋白吗啡肽被释放到小肠，并被完整的吸收，可以抑制胃肠蠕动和减缓胃的排空。
BAPs存在于各种蛋白源中，如小麦、乳和大豆，可以小至三肽。它们能够影响不同种类动物的胃肠蠕动和食糜流通速率。然而，它们对消化功能、代谢和采食调控方面的影响程度还是未知的。从乳中和其他蛋白来源获得的多肽的大小和结构及其功能表明，它们是普遍存在，但在许多情况下，其作用又是不确定的。
从日粮蛋白源中获得更大的生理价值显然是有潜力的。使用特殊的蛋白水解酶可能会在日粮中产生BAPs，并对动物的生长和生产性能发挥有益影响。这将需要有大量的工作来建立已知饲料蛋白源的BAPs序列，并找到适当酶来产生这些BAPs。在将来，这方面是可以实现的。
在目前为止，使用非淀粉多糖（NSP）降解酶产生低聚糖的意义还不完全清楚。NSP的降解酶由于能够降低肠道内容物的黏性，曾被认为是有益的。可是，它们也会产生一定的数量低聚糖。如前所述，利用相对少的NSP酶并不能降解β-葡聚糖、戊聚糖、甘露聚糖、果胶或纤维素生成单糖，而会产生一定量的低聚糖。这些低聚糖的生理功能尚不淸楚。NSP降解酶产品的困难在于，在多数情况下，其终产物没有被很好地鉴定，因而，也不能确定其生理效应。
脂肪、油脂和磷脂的消化产物也有发挥生理效应的潜力。如棕榈仁油和椰子油富含一种中链脂肪酸：月桂酸。这种脂肪酸能够在脂酶作用下进人肠道。月桂酸和月桂醇甘油—酯对革兰氏阳性菌具有抑制作用（Kobara，1978）。月桂酸、月桂基甘油一酯、羊脂酸和乳酸的混合物可作为奶牛乳房炎治疗的抗菌剂（Bodiahe和Nickerson，1992）。应用各种脂肪酸是有益的，尤其是当日粮中不再添加抗生素时。采用特殊的日粮油脂如棕榈仁油或椰子油与适当的脂酶混合在一起，通过营养途径就可以完全达到更好地控制肠道微生物区系的目的。
同样，磷脂的消化产物也具有重要的生理效应。卵磷脂经常作为营养源或乳化剂加入饲料内使用。如前所述，磷酸酯酶A2作用于卵磷脂能够产生溶血卵磷脂，该产物有促进吸收的功能。
全方位营养一方面需要将消化的终产物作为营养源，另一方面将它们作为具有特殊生理效应的复合物来考虑。在将来，通过精心选择饲料原料和相应的消化酶搭配将可能提高饲料的价值。通过细致地饲料配合，将有助于动物对疾病做出有效的防御，也能确保饲料原料能被有效地消化成可吸收的养分，并有利于动物吸收。
