益生菌是指一类通过黏附、定植于肠道从而调控动物肠道微生物区系平衡，有效地促进动物健康和生长的活菌制剂，具有无毒、无副作用、无污染、不产生抗药性等优点，是肠道内的优势菌群。
1、益生菌和肠道微生物菌群的关系
益生菌是肠道内的优势菌群，与肠黏膜紧密结合构成肠道的生物屏障，能通过占位效应、营养竞争及其分泌的各种代谢产物及细菌素等抑制条件致病菌的过度生长及外来致病菌的入侵，维持肠道的微生态平衡。
细菌在肠道内是按照一定的时间顺序定植的（需氧菌-兼性厌氧菌-厌氧菌），逐渐成为常驻菌群，在黏膜的特定部位有特定的细菌黏附，黏附是定植的第一步，益生菌在肠道黏膜上皮细胞表面黏附定植后进入菌群增殖的过程，最终形成稳定的菌群。这些有益菌可发挥占位定植的作用，竞争定植位点以阻止病原菌与肠道黏膜受体结合，益生菌的黏附还可以防止条件致病菌的易位，阻止条件致病菌向周围不断扩散而引发有关部位感染。
2、益生菌和肠黏膜免疫的关系
众多的研究报道证实，存在于肠道黏膜表面的益生菌作为一种活的有机体对肠道黏膜具有双重的保护作用，一方面它可以在肠道内定植，维护肠道微生物菌群的平衡；另一方面益生菌可直接作用于宿主的免疫系统，诱发肠道免疫；活化肠黏膜内的相关淋巴组织，使SIgA生物合成增加，提高消化道黏膜免疫功能；诱导淋巴细胞和巨噬细胞产生细胞因子，发挥免疫调节作用，从而增强机体免疫功能。
肠粘膜的派伊尔氏结（PP结）是淋巴细胞产生特异性免疫应答的初发区之一，在无菌动物肠道内灌喂双歧杆菌会产生IgA，并且双歧杆菌在肠道菌定植后导致派伊尔氏结内的淋巴滤泡大量增生，使SIgA大量增多，产生IgA的细胞的生成是在肠道抗原特别是在肠菌群建立刺激下逐渐增加的。
3、益生菌诱导肠黏膜分泌SIgA
SIgA是机体内分泌量最多的免疫球蛋白，SIgA主要由肠黏膜固有层中的IgA+浆细胞分泌。通常IgM+B细胞遭遇抗原刺激可分化为IgA+B细胞，IgA+B细胞又在T辅助细胞(Th细胞)调节下发育为成熟的IgA+浆细胞。IgA+浆细胞进一步分化成为SIgA，SIgA是IgA与肠上皮腺体细胞合成的分泌片结合后形成的二聚体。分泌片是一分子量为83kD的糖蛋白，作为IgA的特异受体在SIgA的合成、分泌和转运中具有重要作用，它能保护SIgA不受肠腔内的蛋白水解酶的降解，也不会激活补体。SIgA经肠黏膜上皮细胞释放到肠腔内和肠黏膜表面的正常菌群混合存在，可以抑制病原微生物的定植及有害肠道抗原的穿透，维持肠道内的正常菌群平衡。
2004年吴国豪等在无菌动物肠道内喂服双歧杆菌，小肠中SIgA+浆细胞的量有所增加，表明益生菌能够通过竞争机理在肠道内定植，从而刺激肠道淋巴细胞发挥免疫保护作用。
幼畜和婴儿等对致病性大肠杆菌等病原菌感染的抵抗力与其消化道产生的SlgA及来源于母乳中的SlgA的多少密切相关。SlgA对乳酸杆菌、各种链球菌及沙门氏菌等都呈现抗体活性。另外,在生理条件下,机体内的常在菌是刺激合成SlgA的重要物质,产生的SlgA又能调控菌群的平衡。总之,迄今为至的大量材料均证实,SlgA在黏膜局部能起到特异性抗感染作用。
综上所述: 肠道菌群的组成对机体营养、免疫等有着密切的关系，抑制有害细菌的生长，促进肠道中有益菌的增殖，对于细菌性疾病和病毒性疾病等的防治方面具有重要的意义。益生菌作为一种活的有机体能够在肠道内定植，维持肠道菌群平衡，能够刺激肠道免疫组织产生免疫球蛋白、细胞因子，促进淋巴细胞的分化，对肠道粘膜免疫具有重要的影响。
