猪只肠道固有菌群对其生长发育、营养、免疫和抗感染等方面是一个不可缺少的重要因素。正常的肠道菌群的主要作用一是对外来细菌具有定植、抗力的生物拮抗作用;二是产生消化酶、维生素和抗生素类物质;三是减少有害物质的产生;四是增强机体的免疫力。
1、肠道常在菌与病原菌的相互作用及影响
一是常在菌对病原菌具有定植、排斥的生物拮抗作用，某些肠道常在菌的定植能阻碍诸如大肠杆菌、沙门氏杆菌等多种疾病的附着，并将其从肠道中排除出去。我们可以通过维系和调控肠道微生物菌群，形成对抗病菌感染及减轻对生长抑制作用的内部屏障。通常肠道乳酸杆菌占有一定优势，有助于肠道健康，我们可以通过增加胃肠道酸度，减少病菌数量，来增强乳酸杆菌的生长繁殖能力，强化其主导地位。
二是病菌对常在菌的拮抗作用。如猪在应激状态、病理状态及长期使用抗菌药物时，常在菌群可受到抑制，甚至被大量杀灭，有害菌将乘虚而入，大量繁殖，造成疫病，特别是仔猪肠道疾病的发生。因此，在仔猪断奶转群、饲料突变等应激状态下，应及时采取补充益生菌，以扶正祛邪，维系正常肠道微生物菌群，防止病菌大量繁殖。
2、 常在菌与病菌对机体及肠道内环境的影响
一是常在菌可改善肠道内环境，促进机体生长发育和增强抗病能力。正常菌群与机体密切接触，进行能量和物质交换，甚至相互传递遗传信息，对机体有营养、免疫、生长刺激和生物拮抗作用。如可合成维生素、蛋白质，补充动物营养，可生成各种有机酸，抑制病菌增殖，减少有害物质生成，利于肠道内环境稳定;有益菌群可形成生物屏障，产生抗菌物质、抗体和非特异免疫因子，提高机体抗病能力，有利生长发育。
二是病菌作用。有害菌生成的有毒物质，能破坏肠道内环境，抑制机体生长发育，降低饲料效率和机体健康水平。如氨的生成量增加，一方面可增加肠粘膜重量，改变肠粘膜细胞的核酸合成，加快细胞老化。另一方面，氨在肝脏内解毒需要消耗大量能量。氨的生成量增加是由于猪处于应激状态和长期大量使用抗生素，导致肠道菌群发生变化，有害菌的存在，导致肠粘膜细胞数量增加，细胞生成和老化速度加快，肠粘膜变厚。增厚的肠粘膜其吸收功能大大下降。
3、腹泻与肠道及菌群异常的关系
腹泻与肠道及菌群异常互为因果，互相促进。有害菌异常繁殖，有害物质生成量和浓度增加，刺激肠道蠕动加快，水和营养物质吸收不充分而出现腹泻。造成有害菌异常繁殖的原因除前面叙述的猪群应激、病理状态、饲料突变和长期使用抗生素等因素外，饲养管理不善也是重要诱因。如消毒不严、卫生差、猪食入病菌量大增，喂料过量时，未经消化的饲料可直接进入肠道造成有害菌繁殖异常，发生消化不良及至腹泻。
猪只腹泻也导致肠道菌群异常。肠蠕动加快、分泌异常，可很快出现腹泻，使肠道有害菌异常繁殖。如饲料霉变、含有毒物质、饲料突变等可刺激肠道蠕动加快，发生腹泻;外来病原菌所致肠道感染，病毒性、寄生虫性腹泻和大肠杆菌所产肠毒素等都可直接导致腹泻，进而使肠道菌群异常。另外，猪只全身性感染导致生理机能异常，也可引起腹泻和肠道菌群异常。腹泻猪的空肠、直肠中，大肠杆菌增加，拟杆菌、双歧杆菌和乳酸杆菌数下降。猪的腹泻与肠道菌群异常往往是相互促进，既是病因，又是后果，导致腹泻更加严重，肠道有害菌异常繁殖，机体免疫力下降。
