不少专家认为，疫苗防疫是当前防控仔猪腹泻最有效的方法，建议养殖户一年免疫两次，分别在9月、11月各免疫一次。但在生产实践中，不少养殖户就反映这样的免疫效果不明显，仔猪腹泻依旧严重。
为何会免疫失败?养殖户往往将原因归结于疫苗问题，认为当前灭活苗效果远没有已被取消批文的弱毒苗效果好。据了解，几年前市场上还有弱毒苗销售，效果也不错，但因弱毒苗安全性问题等原因被农业部吊销了批文。目前，市场上只有正规批文的二联灭活苗销售。
不过阳春市年存栏800头母猪的养殖大户、阳春养猪协会副会长谢猛认为，灭活苗效果并不比弱毒苗效果差，免疫失败的原因主要是免疫程序不当。“自从去年改良了仔猪腹泻的免疫程序后，猪场就再也没出现过仔猪腹泻。”
谢猛介绍，往年他的猪场也只是依照9月、11月各免疫一次的免疫程序，所以腹泻病一直没有控制好，但去年开始，他特意改变了免疫程序，采用跟胎次免疫方法，这种免疫效果让他出乎意料，今年以来尽管周边不少养殖场损失连连，他的猪场却幸免于难。具体的免疫方式是，母猪配种后60天、90天各免疫一次，同时对后备母猪加强免疫，第一次配种前一周左右免疫一次。此外，免疫方法也有讲究，谢猛介绍,与其他疫苗免疫不同，腹泻苗免疫部位在猪尾巴后海穴进针角度保持与直肠平行或稍偏上。
广东现代农业集团猪病研究室李建平博士很赞同上述免疫方法，他认为：免疫程序不当可能是许多猪场免疫失败的主要原因。他建议养殖户试用跟胎次免疫方案。“至少产前两周对母猪加强免疫一针是很有必要，这样会让母源抗体更足，保护力更强。”
