眼观无特征性变化，一般表现尸体消瘦，血液浓稠、凝固不良，口腔黏膜和舌黏膜常见糜烂和溃疡。胃内常有石块、泥土、毛发等异物，胃黏膜充血、出血或溃疡，脑水肿，脑膜和脑实质的小血管充血，并常见点状出血。
病理组织学检查呈弥漫性非化脓性脑脊髓炎，表现为脑血管扩张充血，、出血和轻度水肿，血管周鬧淋巴间隙有淋巴细胞和单核细胞浸润构成了明显的脑血管套，脑神经元细胞变性、坏死。在变性坏死的神经元周围主要见有小胶质细胞积聚，并取代神经原，称之为狂犬病结节，这些变化以脑干、海马角部位最明显。狂犬病最明显的特征病变是在神经细胞浆内出现包涵体（内基氏小体）内，直径2-lOlim，内含有小的嗜碱颗粒，这些内部的小颗粒以及整个包涵体用sellers染色容易看到，而非特异性的包涵体常缺乏内部颗粒。在中枢神经系统内以及海马部的大神经细胞出现最多，其次是大脑皮质、延髓、小脑、丘脑等。
据组织学研究证实，内基氏小体内有蛋白质，α –氨基酸，精氨酸，酪氨酸和DNA的存在。用狂犬病荧光抗体染色清楚地显示内基氏小体由狂犬病抗原构成。电子显微镜观察，内基氏小体是病毒复制部位，含有狂犬病病毒抗原和某些细胞成分。
唾液腺腺泡上皮细胞变性，细胞间质有单核细胞、淋巴细胞、浆细胞浸润，免疫荧光显微镜检查见腺泡和腺管内有尘埃状病毒粒子积聚。电子显微镜检查，管腔侧细胞膜表面和管腔内也有生芽的病毒粒子。
