具有特征性的病理变化主要见于小肠，剖检时取空肠一段，用生理盐水轻轻洗去肠内容物，置平皿中加入少量生理盐水，在解剖镜下观察，健猪空肠绒毛呈棒状，均匀，密集，可随水的振动而摆动，而患本病猪的小肠绒毛变短，粗细不均，甚至大面积绒毛仅留有痕迹或消失，二者对比十分明显。
整个小肠气性膨胀，伴有卡他性炎，肠管扩张，内容物稀薄，呈黄色，泡沫状，肠壁驰缓，缺乏弹性，变薄有透明感，25%病例有充、出血变化，胃底黏膜潮红，充、出血，并有黏液覆盖，50%病例见有小点状或斑状出血，胃内容物呈鲜黄色并混有大量乳白色凝乳块（或紫状小片）、较大猪（14日龄以上的猪）约10%病例可见有出血，溃疡灶，靠近幽门区可见有坏死区。脾脏和淋巴结肿大，肾包膜下见有出血，膀胱见有出血点，心肌质软、色灰白、冠状沟见有点状出血。
小肠，肠管扩张，空肠伴有卡他性炎症，内容物稀薄，呈黄色，泡沫状，肠壁弛缓，变薄有透明感，患病的小肠绒毛变短，粗细不均，甚至大面积绒毛仅留有痕迹或消失。并有充出血变化，肠系膜淋巴结肿大，胃底黏膜潮红充血，并有黏液覆盖，亦可见有小点状或斑状及弥散出血，胃内容物呈鲜黄色并混有大量乳白色凝乳块。
组织学变化，小肠最早变化是绒毛顶部肿胀，黏膜血管充血、出血，上皮细胞变性、坏死和脱落，继之绒毛萎缩变短，黏膜固有层水肿、增厚、淋巴管扩张，黏膜及黏膜下层tPI血，圆形细胞、多形核白细胞和嗜酸性粒细胞浸润，在胃溃疡灶周围可见有圆形细胞，多形核白细胞构成的炎性反应带。淋巴组织中的淋巴滤泡有活跃细胞的分裂相。之半数病例肾曲细尿管变性，并伴有坏死和管腔阻塞，管腔内常见透明蛋白管形和尿酸盐沉着，脑血管周围有时见有圆形细胞浸润。
