选购应有针对性
细菌对肠道的黏附具有种属特异性，从某种动物分离的细菌只对该动物消化道上皮有较强的吸附性，如猪用 益生菌用于其他动物不能发挥最大的疗效。因此，在选择益生菌时，要根据微生物的宿主特异性，选择相对应的益生菌。动物的日龄不同，其肠道正常菌群不同，对 新生动物使用益生菌，效果较明显，因为新生动物肠道的正常菌群还处于连续变化的阶段，更容易受到益生菌的影响。
保存方法要科学
益生菌含有益的微生物，影响其稳定性的因素主要有温度、湿度、酸度、机械、营养等。因此未启用的益生 菌应保存在干燥、阴凉的地方，适宜的保存温度为5℃~15℃;此外，未用完的益生菌特别要注意密封，因为氧气可使其中的厌氧菌失活。益生菌保存中的活菌率 较不稳定，随着时间推移，活菌数量会不断减少，其减少速度因微生物种类不同而异，以芽孢杆菌最为稳定，其次是肠球菌群中的粪链球菌，再次是乳杆菌，稳定性 最差的是双歧杆菌。因此益生菌产品不能超期使用。益生菌制剂对抗生素和高铜等微量元素有一定的耐受性，用益生菌配制好的全价饲料要尽快使用以免失效。
注意配伍禁忌
为了更好地发挥益生菌的作用，目前正在研究不同益生菌之间的协同与拮抗作用，以及与其他添加剂联合使用，如与抗生素的联合使用，先用抗生素处理后再用微生物产品，与生物肽的联合使用等技术。
我国于1994年批准使用的益生菌有6种：芽孢杆菌、乳酸杆菌、粪链球菌、酵母菌、黑曲菌、米曲菌。 其中，乳酸杆菌和粪链球菌为肠道正常微生物，芽孢杆菌具有较高的蛋白酶、脂肪酶、淀粉酶的活性，能明显提高动物生长速度和饲料利用率，于是许多生产厂家将 这些菌配合起来一块使用，但是配合以后菌体活性是否受影响却并没有作深入研究。据报道，乳酸乳球菌产生的细菌素的抗菌谱中就包括粪链球菌和芽孢杆菌中的一 些菌种，特别是能抑制芽孢的形成，因此，在乳酸乳球菌与粪链球菌和芽孢杆菌联合使用时，非常有可能产生拮抗作用。由于细菌素大多抗菌谱比较窄，选择适当的 细菌素，就可以有效防治动物受某些肠道致病菌的影响，而不至于影响动物肠道的其他有益微生物。乳酸乳球菌产生的细菌素对链球菌、葡萄球菌，芽孢杆菌中的一 些菌种、梭菌及其他乳酸菌有抑制作用；嗜酸乳杆菌和发酵乳杆菌产生的细菌素对乳杆菌、片球菌、明串珠菌、乳球菌和嗜热链球菌有抑制作用。因此，在联合使用 益生菌制剂时，要注意各菌种之间的配伍和比例。
协同作用效果好
益生元是指能够选择性地刺激肠内一种或几种有益菌生长繁殖，而且不被宿主消化的物质，主要有果糖寡糖 和半乳糖寡糖。寡糖作为某些益生菌的增殖因子，增强益生菌的竞争优势;益生菌分泌的消化酶可使寡糖消化为单糖，被益生菌或机体利用。这样寡糖类碳水化合 物，能有效地刺激肠道有益微生物的增殖，能阻断有害菌对肠黏膜的黏附。微生态制剂还可与含多糖的中药或从中药中提取的多糖联合应用，如与黄芪多糖、茯苓多 糖、灵芝多糖、枸杞多糖等。这种联合用药能增强微生态制剂的药理作用和生态效应。由于许多病原微生物的表面有外源凝集素，能与肠上皮寡糖受体特异性结合， 使细菌黏附在肠壁上并增殖，导致肠道疾病发生，而一些寡糖的结构与肠上皮寡糖受体相似，可与病原菌的外源凝集素特异性结合，使病原菌不能在肠壁上黏附，而 随寡糖排出体外。
合生素是指益生菌与益生元的混合制剂，既可发挥益生菌的生理活性，又可选择性地增加这类菌株的数量，使益生菌的作用更显著更持久。合生素是今后微生态调节剂发展的一个方向。
